Primeiro, instale o adb e fastboot nos repositórios com:
sudo add-apt-repository ppa:nilarimogard/webupd8
sudo apt-get update
sudo apt-get install android-tools-adb android-tools-fastboot
Em seguida, navegue até o diretório em que o .apk está usando o cd e a janela do terminal. Inicie o emulador e obtenha o dispositivo emulado em execução. Use:
adb devices
para verificar se o dispositivo está sendo reconhecido. (certifique-se de que diz emulador e de que você não tem um telefone conectado) Depois disso, use:
adb install NameOfYourFile.apk
Isso irá instalá-lo no emulador.
source: usou este processo há 10 minutos e funcionou perfeitamente. ( link )