Depois de alguns googling, encontrei esta postagem no Launchpad , informando o seguinte (primeiro comentário):
O sistema de arquivos ext3 reserva uma quantidade do espaço total para o root. E se algum usuário (ou daemon) preenche o disco, então um login não poderia ser possível não mais. Então, mesmo o root não podia mais logar para consertá-lo. Portanto ext3 reserva um valor de 5% (padrão) do sistema de arquivos para o usuário root para impedi-lo (não funciona se o root preencher o disco).
O espaço disponível é agora o total de espaço livre, incluindo o reservado espaço para raiz. O espaço livre é o espaço livre que você, como usuário, pode preencher:)
É possível alterar isso com tune2fs (consulte a página do manual antes de usar esta ferramenta).