Existem vários fatores a serem levados em consideração, mas, em geral, o Ubuntu normalmente está em desvantagem durante a instalação. Isso ocorre porque o Windows normalmente está no início do disco, e o Ubuntu (ou qualquer outra distro) está no final. Os discos são mais rápidos do que os mais próximos, portanto, o Windows terá tempos de busca mais curtos, o que dará um impulso ao Ubuntu.
Outra coisa é que o Windows não rodará ao mesmo tempo que o Ubuntu, nem o inverso. Portanto, enquanto você estiver executando o Windows, apenas o desempenho inerente do sistema será considerado. Eu não vi (nem imagino) qualquer circunstância que o Windows irá desacelerar porque você instalou o Ubuntu.
Em resumo, o Windows normalmente terá a vantagem no hardware, mas o Ubuntu (Linux) o utilizará com mais eficiência. Isso é tudo.