Bem, você mencionou apt-get comandos, então você poderia usar apenas o Ubuntu update-manager (que é mais ou menos gui para o apt-get) e tenho certeza que existem outros como synaptic por exemplo.
Por outro lado, não existe tal coisa que Você está descrevendo para TODOS os comandos acessáveis do terminal (imagine, meu ls /usr/bin | wc tem 2186 entradas, e isso não é tudo o que é possível. E sobre todos os argumentos Você geralmente precisa passar para algum programa? Como ls -l ~/Music ou encadeamento de comandos com pipes?