Este é um bug comum no banco de dados do banshee. Para resolvê-lo, exclua seu banshee.db em ~/.config/Banshee-1
. A próxima vez que você digitalizar, deve funcionar sem bater.
EDIT: esqueci de mencionar, você deve ter certeza que você exporta listas de reprodução quando você as cria conforme elas são armazenadas no banco de dados.