Infelizmente, isso não é possível, devido às alterações no Nautilus e à remoção de /usr/share/nautilus/ui/nautilus-directory-view-ui.xml. Foi perguntado (junho de 2012) nas listas de discussão do nautilus do gnome, e fica claro pelas respostas dos desenvolvedores que agora é preciso baixar o código-fonte, corrigi-lo e depois recompilá-lo para reordenar os menus.
Fonte: is possível ocultar os menus de contexto "Copiar para" e "Mover para"?