Eu não acho que você pode ter docky em ambos os monitores. No entanto, você pode movê-lo para o monitor onde quiser. O link do site diz:
- Clique com o botão direito do mouse em "Docky"
- Clique em "Configurações"
- Aviso "Arraste para reposicionar" ajuda na parte inferior da tela?
- Arraste-o até o computador no modo "Configurações" para a área de trabalho desejada.
Talvez você encontre algo útil aqui Como aproveitar ao máximo monitores duplos?