Na verdade, apenas consertei. Aqui estava a minha solução.
Primeiro, editei o mimelista
sudo gedit ~/.local/share/applications/mimeapps.list
e procurou por todas as entradas que começaram com inode/directory=
e excluiu-as como de acordo com A solução de doug sobre" Unity links to USB drives não abre nautilus ". Coincidentemente, a entrada ligada ao shotwell e parecia algo como
inode / directory = ... shotwell;
Então, eu instalei o Ubuntu Tweak via:
sudo add-apt-repository ppa:tualatrix/ppa
sudo apt-get update
sudo apt-get install ubuntu-tweak
e abriu o Ubuntu Tweak.
No Gerenciador de tipos de arquivos (um módulo de lista MIME), fui em 'Todos' e procurei pelo tipo de arquivo 'Pasta'. Este tipo de arquivo foi vinculado ao Disk Usage Analyzer, então eu mudei de volta para o Nautilus e tudo funcionou normalmente.
Não há mais abertura em um aplicativo aleatório por padrão e não é mais necessário abrir no nautilus quando clicado no Unity. Deixe-me saber se essa solução funciona para qualquer outra pessoa.