Como diz Florian, você deve primeiro adicionar o nome do arquivo e depois classificar. Outro método é usar awk :
$ awk '{printf "%s_%s\n", $0, FILENAME}' f1 f2 | sort
Alpha_f1
Alpha_f2
Bravo_f1
Bravo_f2
Charlie_f1
Delta_f2
printf imprime argumentos em um formato especificado, %s_%s\n significa duas sequências separadas por _ e seguidas por uma nova linha. $0 e FILENAME contêm a linha atual e o nome do arquivo, respectivamente. Eu nomeei os arquivos f1 e f2 , neste exemplo.