As partições persistentes não funcionam com instalações USB do tipo syslinux de 64 bits, como o Criador de disco de inicialização, UNetbootin, Universal e Rufus make.
Eles trabalham com instalações do tipo grub2 como mkusb faz.
Use apenas o mkusb para fazer a instalação persistente inicial no pendrive e siga as instruções da Sudodus para criar uma partição HDD casper-rw e, em seguida, exclua a partição casper-rw na pen drive.
Se você não remover a partição persistente do pen drive, ele usará a partição persistente dos discos rígidos internos ao sair do computador e da partição casper-rw do pen drive quando conectado a um computador diferente, talvez se tornando um pouco confuso.