Embora você tenha pedido uma solução na inicialização , isso pode fazer o que você quer: executar um comando no login , no nível do usuário, aqui está uma simples um:
Por exemplo, para definir a chave PageDown como a tecla Return no login:
Crie um arquivo .desktop como abaixo, salve em ~/.config/autostart
[Desktop Entry]
Name=Set Keyboard
Exec=xmodmap -e 'keycode 117 = Return'
Terminal=false
Type=Application
Copie o texto acima, cole-o em um arquivo de texto vazio (gedit), salve-o como set_keyboard.desktop (ou anything_else.desktop) em ~/.config/autostart