Você tem várias opções aqui (escolha a que você mais gosta):
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Torne o próprio arquivo executável.
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Na primeira linha do arquivo, verifique se o "shebang" está lá:
#!/usr/bin/env python
Isso é necessário para o shell, para que ele saiba como executar o arquivo.
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Marque o arquivo executável no sistema de arquivos:
chmod +x thefile.py
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Execute como qualquer outro executável:
./thefile.py
ou
/full/path/to/thefile.py
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Execute o arquivo diretamente no interpretador Python:
python thefile.py
A desvantagem disso é que todos que gostariam de executar o arquivo devem saber como chamá-lo. Com a primeira opção você tem isso dentro do próprio arquivo e você pode rodar o arquivo sem ter conhecimento disso.