Primeiro, você precisa Desinstalar o Wubi do Windows, enquanto remove / desinstala qualquer programa no Windows ou por meio de qualquer utilitário do Uninstaller.
se isso não ajudar, então use este específico Desinstale a ferramenta Wubi aqui Como faço para desinstalar o Wubi e também consulte o Como faço para desinstalar manualmente o Wubi? .
Como faço para reinstalar o Wubi?
Execute Wubi.exe novamente ( After the above uninstallation process)
. O Wubi detectará que existe uma instalação existente e será oferecida uma opção para desinstalá-lo. Você pode querer fazer o backup dos arquivos de instalação (o ISO) para evitar ter que baixá-los novamente. Observe que, ao reinstalar, a unidade virtual do sistema (root.disk) é redefinida.
Recomendação
Eu recomendo que você use o Ubuntu em Configuração de inicialização dupla e não através do Wubi . Você pode consultar este guia para instalá-lo.