Este é um problema com o Qjoypad,
O Qjoypad usa os applets antigos do Gnome que não funcionam corretamente com o Unity.
A solução é iniciar o qjoypad a partir do terminal com a opção --notray.
qjoypad --notray
Você vai acabar com uma janela flutuante na sua área de trabalho que se parece com isso
Clicar na janela abrirá a tela de configuração que você vê no seu link. Você pode então configurar o gamepad para o jogo conforme a necessidade, seguindo as instruções do seu link.
Não tenho certeza se isso é verdade em 13.10, mas em 12.04, depois de configurar o gamepad, você pode então iniciar o qjoypad normalmente e selecionar a configuração que você precisa no ícone da bandeja do sistema. Eu só preciso usar o --notray para configurar uma nova configuração, eu nunca abri-lo de outra forma, mas você pode precisar em 13.10, não tenho certeza ....