Você DEVE sempre fazer backup dos arquivos que julgar importantes. Independentemente se estamos falando de atualização.
A atualização pode dar errado a qualquer momento e nem sempre é o instalador que vai mal. Uma falha de energia no meio da atualização pode ser o fim dessa instalação.
Eu mesmo tenho meu sistema configurado para que meus arquivos pessoais (leia todos os diretórios em / home / $ USER /) estejam em outro disco para que eu possa formatar minha instalação principal e / home sem me preocupar. Para mim, o download da reinstalação é muito mais rápido do que a atualização (demora cerca de 15 minutos para reinstalar depois de iniciar e mais 10 minutos para instalar tudo o que preciso, mas nesse momento já posso usar meu notebook).