Edite seu script para que sua primeira linha seja um shebang apontando para o caminho do executável do intérprete desejado.
Primeiro, encontre onde o executável python
está, com which python
.
Em seguida, na primeira linha do seu script, adicione
#!/path/to/python
Em seguida, execute
mkdir $HOME/bin
E coloque seu script lá.
Isso deve ser feito!