Não sei ao certo qual é o seu problema, mas você precisa editar as configurações para qualquer categoria que esteja usando para limitar a quantidade de downloads ativos por vez.
[1.] Clique com o botão direito do mouse no nome da categoria e escolha "Propriedades".
[2.] Por padrão, as configurações listarão "3 como os Downloads Ativos".
[3.] Mude para "1" e ele deve funcionar como você deseja.