Lá você tem então: primeiro você deve montar a unidade e só então abrir o seu cliente de torrent. Para ter certeza de que a unidade está montada, você pode simplesmente navegar até lá com o navegador de arquivos.
Você também pode querer configurar essa unidade para montar automaticamente na inicialização:
Como fazer a montagem do hdd na inicialização no Ubuntu 12.04