Eu acho que você atualizou de 10.04 para 12.04.
No Ubuntu 12.04, sim, os aplicativos de inicialização estão ocultos. Não é um problema ou uma falha que o catálogo está vazio. É mais como uma "válvula" de segurança para que os usuários não excluam qualquer aplicativo de inicialização essencial e corrompam o sistema.
Aqui está uma maneira de revelar todos os aplicativos de inicialização no Ubuntu 12.04.
Tenha cuidado, porque o comando a seguir revelará TODOS os aplicativos de inicialização.
Abra um terminal e dê este comando
sudo sed -i 's/NoDisplay=true/NoDisplay=false/g' /etc/xdg/autostart/*.desktop
Em seguida, abra novamente os aplicativos de inicialização e tenho certeza de que a lista terá crescido.