Isso é perfeitamente correto para escolher e não afetará sua instalação do Windows de forma alguma, isso só vê o espaço no arquivo alocado que você criou para a VM.
Isso pode parecer uma pergunta idiota, mas nesta tela:
da instalação do Ubuntu, se eu selecionar a primeira opção, "apagar disco e instalar o Ubuntu", isso só deve afetar a parte do disco que eu aloquei para essa VM, correto? Eu só quero ter certeza de que não perderei todos os meus arquivos.
Isso é perfeitamente correto para escolher e não afetará sua instalação do Windows de forma alguma, isso só vê o espaço no arquivo alocado que você criou para a VM.
Sim, está correto! Você só apaga e instala no disco que você atribui a essa VM. Você não perde dados em outros discos.