Você pode obter uma lista de pacotes que consideram seus próprios arquivos no diretório usando dpkg -S
, por exemplo:
dpkg -S /usr/share/applications
Em seguida, reinstale cada um deles:
sudo apt install --reinstall <package>
Existem maneiras de automatizar isso ao processar a saída do dpkg - mas fazê-lo manualmente será um lembrete para ter mais cuidado.