Não tenho certeza se entendi corretamente, mas para as entradas e saídas mostradas, o comando sed
a seguir pode fazer a transformação, levando em conta que seu arquivo de entrada contém terminadores de linha CR-LF:
sed 's/,/:/g;s/ /,/g' <<<$(tr -d '\r' <input_file) | tee output_file.tmp
mv output_file.tmp input_file