Não há como "rastrear" todos os aplicativos que você instala a partir do código-fonte.
Quando você instala a partir do código-fonte, alguns scripts copiam alguns arquivos em algum lugar.
Essa é a principal razão pela qual o gerenciamento de pacotes foi implementado.
Você pode acompanhar o que você instala, por exemplo, mantendo todas as fontes em um só lugar.