Você tentou alterar o proprietário das pastas?
digitando:
sudo chown -R $USER /your_folder
Depois disso, você pode digitar seu terminal:
ls -l
ou para ir suas_pastas- > propriedades
Para ver se há alguma alteração em relação ao proprietário da pasta, deve ser o caso.
Para corrigir os erros pelo seu uso chmod
find . -type d -print0 | xargs -0 chmod 0755
find . -type f -print0 | xargs -0 chmod 0644
para corrigir isso.