Você não consegue fazer o Java funcionar no Chrome 35. É por causa da remoção do antigo plugin NPAPI. Eu criei um relatório de bug. Aguardando uma resposta adequada dos devs. O relatório de erros está aqui: link . Você pode tentar seguir o tópico desta discussão aqui: link
UPDATE Parece que vamos ficar presos aqui por um bom tempo. Meu relatório de bug foi mesclado no bug pai e foi definido como não corrigido. Aqui está: link
UPDATE2 Uma questão relevante foi publicada no Oracle. Não muita tração. Vocês podem começar uma discussão sobre esse tópico. Acesse aqui: link
Para todos: Para manter o funcionamento do Chrome, faça o downgrade do seu Google Chrome para 34. Você pode fazer o download do deb aqui: link . Em seguida, use o gerenciador de pacotes synaptic ou use a linha de comando para bloquear upgrades para o pacote google-chrome-stable. O Chrome 34 não apresenta nenhum bug gritante, então você pode usá-lo com segurança pelos próximos 3 meses. Espero que, a essa altura, algum patch seja adicionado.