Eu definitivamente escolho os pacotes fornecidos pelo Ubuntu (se é isso que você quer dizer com "nativo"). LAMPP é mais inchado na minha opinião, uma vez que inclui tudo o que você não precisa. Ele foi projetado para funcionar na maioria das distribuições Linux e, portanto, pode não ser tão otimizado quanto os nativos. No Windows, você não tinha um gerenciador de pacotes que cuidasse de atualizar seu software para que o XAMPP fosse a solução mais lógica se você não quisesse gastar algum tempo na configuração do Apache, MySQL e PHP.
Uma vantagem de usar pacotes do Ubuntu é que você não precisa esperar que os desenvolvedores do XAMPP implementem um novo pacote se um dos componentes estiver desatualizado. Basta abrir o gerenciador de pacotes e atualizar seus pacotes, adicionar / remover componentes individuais, reiniciar o servidor da Web e pronto.