Parece que você já tentou de tudo, menos de mkusb,
Eu recomendaria tentar primeiro o mkusb: link
Ele pode criar uma unidade flash buntu inicializável, com partição Boot em FAT32, sistema operacional em partições ISO9660 somente leitura, persistência em partição ext casper-rw e partição NTFS acessível para Linux e Windows. Funciona com BIOS ou UEFI.
(Partições persistentes não estão trabalhando atualmente com instalações do syslinux, como LiLi e Unetbootin).