No caso de mysql , você pode passar comandos como argumentos usando a opção de linha de comando -e ou por meio de entrada padrão - usando um documento here por exemplo. Então, ou
mysql -u dbUser -pdbPass -e 'use mydb; show tables;'
ou
mysql -u dbUser -pdbPass << EOF
use mydb;
show tables;
EOF
(onde dbUser , dbPass , mydb são substituídos conforme apropriado).