Tecnicamente falando, sim.
Windows pode ler partições EXT com um pouco de trabalho . Portanto, é teoricamente possível que uma exploração bem elaborada possa instalar um driver EXT e ler / editar sua partição Linux. A partir daí, o modelo de ameaça é praticamente o mesmo de um invasor com seu disco rígido.
Se o seu disco rígido estiver criptografado (ou o malware não tiver reconhecimento de EXT), qualquer malware baseado no Windows não poderá ler ou gravar nos próprios arquivos da partição, mas esse malware ainda poderá acessar o disco cru. Em teoria, esse malware pode apagar sua partição Linux ou torná-la inutilizável, embora isso não comprometa diretamente a segurança do seu sistema Linux. Claro, isso ainda depende do Windows realmente em execução. Um urso adormecido não é um risco.
Mais perigosamente, uma exploração do Windows pode fazer o flash do seu BIOS ou de outros componentes de baixo nível com firmware mal-intencionado ou executar um ataque BadUSB que teoricamente poderia segmentar / explorar o Linux. No entanto, essas explorações geralmente são extremamente específicas e não são um problema, a menos que você tenha incomodado alguns hackers muito bons ou agências governamentais de três letras.
De qualquer forma, um ataque que "salta" do Windows para o Linux (ou pisca na sua BIOS ou qualquer outra coisa) vai ser muito raro, todas as coisas consideradas. Para todos os efeitos, qualquer usuário normal ficará bem e não terá que se preocupar com esse tipo de malware que os atinge.