Parece que está definido em /etc/apt/apt.conf.d/50appstream
Pode ser desativado com:
sudo mv /etc/apt/apt.conf.d/50appstream{,.disabled}
Isso parou no meu, ainda visível em atualizações como:
N: Ignoring file '50appstream.disable' in directory '/etc/apt/apt.conf.d/' as it has an invalid filename extension
Editar:
Se você quiser, pode simplesmente mover o arquivo para fora desse diretório, ele não será mais exibido. Não há mais avisos. Por exemplo: sudo mv /etc/apt/apt.conf.d/50appstream /etc/apt/50appstream