Se eu digitar um comando, ele será preservado no histórico, mas se eu copiar e colar um comando de outro local, ele não será preservado no histórico, o que é irritante se eu precisar executá-lo novamente.
Acho que isso acontece em qualquer ambiente de trabalho em que eu esteja, mas atualmente, no caso de isso fazer a diferença, estou me conectando a uma máquina remota Ubuntu via Putty em uma máquina Windows e colando comandos de um documento de texto no Windows.
Não deve haver diferença entre um comando copiado e copiado e um digitado. No entanto, se você iniciar uma linha de comando com um espaço, esse comando não será salvo no histórico. É muito fácil copiar e colar acidentalmente para colocar um espaço no começo.