Isso aconteceu comigo também. Eu estava apenas experimentando configurações quando descobri uma maneira de remover as duplicatas. Não é de forma alguma uma solução, mas pensei em compartilhar a observação.
Existe uma configuração no Editor de Configurações chamada "/ desktop-icons / style" e se você alterar do padrão 2 para 1 e depois voltar para 2, as duplicatas desaparecem ... Você pode alternativamente executar os dois seguintes linhas:
xfconf-query -c xfce4-desktop -p /desktop-icons/style -s 1
xfconf-query -c xfce4-desktop -p /desktop-icons/style -s 2
Eu não tenho certeza do motivo, isso foi apenas algo que eu observei. Boa sorte!