O pdfcrop é fornecido pelo pacote texlive-extra-utils em todas as versões atualmente suportadas do Ubuntu. Abra o terminal e digite:
sudo apt-get install texlive-extra-utils
Digite pdfcrop /path/to/pdf_document
do terminal para executar o pdfcrop, e um novo documento em PDF cortado será criado juntamente com o documento original em PDF.