O tutorial que você mencionou não usa checkinstall porque nada está instalado no sistema: ele "instala localmente" os binários compilados no diretório ~/bin .
Se você quiser usar checkinstall para instalar o binário ffmpeg compilado para integração no sistema de gerenciamento de pacotes, e qualquer usuário pode executá-lo:
cd ~/bin
sudo checkinstall --pkgname=ffmpeg --pkgversion="8:$(date +%Y%m%d%H%M)-git" --default install -Dm755 ffmpeg /usr/local/bin/ffmpeg
Isso pressupõe que o ffmpeg binário esteja em ~/bin , o que será feito se você seguir o tutorial corretamente.
Como alternativa, você pode remover --prefix="$HOME/ffmpeg_build" e --bindir="$HOME/bin" ao configurar ffmpeg , executar PATH="$HOME/bin:$PATH" make e, finalmente, executar o comando checkinstall da sua pergunta se quiser instalar todo o resto também, em vez de apenas ffmpeg binário.