virtualbox-fuse foi excluído do repositório apt. Você pode baixá-lo do Launchpad e instalá-lo. Uma vez baixado, basta pressionar Ctrl + Alt + T no seu teclado para abrir o Terminal. Quando ele abrir, navegue até o local onde o arquivo foi baixado e execute o (s) comando (s) abaixo:
sudo dpkg -i <package_name>.deb
Uma vez instalado, você pode montar o vdi digitando
sudo vdfuse -f /home/user/file.vdi /home/user/mountpoint
Nota : o virtualbox-fuse depende do virtualbox 4.1.18 e não funcionará com o 4.2. Graças a Marius.