A solução para isso é .desktop files.
A entrada mais simples do .desktop se parece com isso, mas você pode adicionar muitas coisas como um ícone e assim por diante. Essas três palavras-chave são as únicas necessárias para que funcione:
[Desktop Entry]
Type=Application
Name=NameOfYourApplication
Exec=CommandToExecute
Você precisa salvá-lo como $HOME/.local/share/applications/CustomName.desktop
Mas se você quiser que ele seja executável para cada usuário, salve-o como /usr/share/applications/CustomName.desktop . Você precisa de permissões de root para acessar essa pasta.
Então você tem que torná-lo executável ( chmod u+x /path/to/your/file.desktop ).
Finalmente, você precisa adicionar um link simbólico ao seu Desktop com
ln -s /path/to/your/file.desktop $HOME/Desktop/NameItHowEverYouLike