Ele precisa ser executável e instalado.
Torne-o executável:
sudo chmod +x /etc/init.d/YOUR_SCRIPT
Instale-o em todos os runlevels:
sudo update-rc.d YOUR_SCRIPT defaults
Agora reinicie e veja seu script ser executado na inicialização.
Divirta-se!
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Entre. Seu script é um serviço agora. Você sempre pode parar / iniciar / reiniciar com
sudo service YOUR_SCRIPT stop/start/restart
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