Sabendo que era um problema de configuração, decidi começar a excluir os arquivos de configuração. Eu não tenho certeza exatamente qual deles foi que corrigiu (eu provavelmente deveria ter apagado um de cada vez para descobrir isso ...), mas eu deletei:
~ / .cache
~ / .compiz
~ / .config
~ / .gconf
~ / .gnome *
~ / .kde
e os atalhos de teclado funcionam novamente depois de uma reinicialização sem precisar de bloqueio de maiúsculas ...