No caso de PATA, o computador inicializará a partir de qualquer unidade definida como mestre. O escravo não pode ser iniciado, pelo menos na minha experiência. A maioria dos drives está na seleção por cabo, o que significa que sua localização no cabo PATA (final ou no meio) determina sua função (mestre ou escravo, respectivamente). Neste caso, se você o tiver, o computador irá ignorar a unidade configurada como escravo, seja pelo cabo ou seleção de jumper manual e tente inicializar a partir do mestre.
O SATA é um pouco diferente. Cada unidade é um "mestre" e não há escravos. No entanto, ainda há uma prioridade. Por padrão, o computador tentará inicializar no SATA 0 primeiro. Se não puder, passa para o SATA 1, depois para o SATA 2 e assim por diante, até ficar sem unidades. O SATA tem um ótimo recurso que o PATA não possui: você sempre pode acessar o menu de inicialização do BIOS e selecionar de qual unidade inicializar, contanto que o BIOS possa encontrar uma partição inicializável de UEFI ou Legacy. Você também deve poder editar manualmente a prioridade das unidades, portanto, se você quiser, o SATA 2 será inicializado a partir de primeiro, depois SATA 0 e SATA 1.
Então, se você tem PATA, então você precisa ter certeza de que a unidade X está configurada como mestre e Y é a escrava. A primeira coisa para tentar isso seria colocar X no final do cabo e Y no meio. Se isso não funcionar, você terá que brincar com os jumpers nas unidades. Ambos podem ser configurados manualmente para master, o que impedirá a inicialização.
Se você tem SATA, então você deve ser capaz de definir apenas uma prioridade no BIOS, mas seria melhor colocar X em SATA 0 e Y em SATA 1, apenas para que você possa ter certeza de que X será tentado primeiro como uma opção de inicialização.