ls
não mostra o tamanho do conteúdo de um diretório. Mostra o tamanho usado para armazenar os metadados que descrevem o diretório. Esse tamanho dependerá do número de arquivos no diretório e do tamanho dos nomes deles (e do diretório), e não de seus tamanhos. Para ilustrar, criarei diferentes números de arquivos vazios (tamanho 0):
## 10 files
for i in {1..10}; do touch foo/$i; done
$ ls -l
drwxr-xr-x 2 terdon terdon 4096 May 11 16:36 foo
$ du -sc foo/* | grep total
0 total
## 100000 files
$ touch foo/file{1..100000}
ls -l
drwxr-xr-x 2 terdon terdon 2801664 May 11 16:37 foo
$ du -sc foo/* | grep total
0 total
Como você pode ver acima, o tamanho relatado por ls
mudou, apesar do tamanho real do diretório ser o mesmo.
Assim, provavelmente, seus arquivos ausentes estão no diretório lost+found
, confira.