Isso não seria executado antes de um X Server entrar em contato com ele?
A maneira mais simples de fazer isso funcionar é adicionar sh -c "xinput set-button-map 10 1 2 3 4 5 6 7 9 8"
aos seus aplicativos de inicialização e isso será executado quando você fizer login.
Há também /etc/xdg/autostart
para todos os usuários, nos quais você pode escrever arquivos .desktop (veja os existentes para obter ajuda de sintaxe).