Em /usr/share/applications ou ~/.local/share/applications , um arquivo "sobrando" .desktop deve ser deixado para trás.
Remova o (s) arquivo (s) desktop duplicado, efetue logout e volte e ele deverá ser corrigido. Se você está tendo dúvidas sobre qual é a certa a ser removida: .desktop arquivos mostram seu ícone uma vez que você os torne executáveis. Você também pode olhar dentro do arquivo (arraste-o sobre uma janela de gedit aberta).
Arquivo - nomes dos arquivos .desktop podem ser confusos, já que o nome que você vê em Dash pode (e será) diferente do nome em Dash; no Dash, você vê o nome, definido na linha Name = do arquivo.
Relacionados: link