Sim.
A criptografia de disco protege contra o acesso ao disco quando ele não está em uso, por exemplo, se alguém roubar seu computador. A VPN protege contra alguém que esteja farejando o fio.
O Meltdown e o Spectre podem fornecer aos atacantes acesso local aos dados, antes de serem criptografados.
Para o sistema usar qualquer tipo de informação, ele tem mais ou menos disponível em formato não criptografado. Sempre que estiver disponível em formato não criptografado, qualquer invasor com acesso de superusuário ao computador poderá copiá-lo à vontade.