Como @christian comentou, você pode usar este comando:
gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons true
Estou executando o Ubuntu 14.04 64bits: não consigo alterar o plano de fundo da área de trabalho a partir das configurações nativas ou usando qualquer "ferramenta de ajuste" que eu possa encontrar. E por algum motivo, posso clicar com o botão direito nos arquivos que devem aparecer na minha área de trabalho, mas isso não parece estar lá?
Como @christian comentou, você pode usar este comando:
gsettings set org.gnome.desktop.background show-desktop-icons true