O aplicativo de atualização de software é apenas uma interface GUI para os backends apt e dpkg na linha de comando, que realmente mantêm e gerenciam os pacotes.
Os comandos subjacentes finais executados são equivalentes a sudo apt-get update quando você clica em "Atualizar" ou "Verificar Atualizações". O comando sobre-equivalente sendo executado quando você tem todos os pacotes selecionados na lista gráfica de pacotes é sudo apt-get dist-upgrade , ou para pacotes específicos selecionados e outros não selecionados, sudo apt-get install PACKAGE1 PACKAGE2 PACKAGE3 ... (onde PACKAGE# é apenas um espaço reservado para pacotes selecionados ).
Por fim, apt-get update , apt-get upgrade e o aplicativo de Atualização de Software são apenas interfaces diferentes para o mesmo objetivo - a atualização de pacotes no sistema, tratada por dpkg no final.