Compreendo que você está se referindo ao formato de armazenamento de e-mail mbox e Maildir .
O Thunderbird usa o formato mbox . Isso significa que armazena todo o diretório Inbox mail em um único arquivo do sistema. Ao usar o armazenamento em nuvem, isso resultará em tráfego intenso.
Você precisa encontrar um cliente de e-mail que use o formato Maildir .
No Ubuntu, os clientes de email mais populares são evolution e Kmail . Ambos suportam Maildir . Claro que ambos incluíram os repositórios do Ubuntu.
Para uma investigação mais detalhada, há uma extensa lista na wikipedia com vários clientes de email. link
Consulte a coluna "Formato do arquivo de mensagens".