Eu não vejo porque não. Agora, tenha em mente, dependendo do software de backup que você tem e do tipo de backup que você está usando, pode não fazer backup dos itens que estão na mesma unidade de backup.
Tenha também cuidado ao excluir qualquer coisa dessa unidade, para que isso não afete os dados de backup. Eu recomendo que você crie uma partição separada para o uso normal do dia-a-dia.