Não. Usando PlayonLinux é completamente seguro.
A PlayOnLinux depende principalmente do projeto WineHQ . E de acordo com FAQ do wineHQ
1.2. O Wine prejudica o Linux ou outros sistemas operacionais livres?
O vinho aumenta a utilidade do Linux, tornando mais fácil para os usuários mudar para sistemas operacionais livres, e para desenvolvedores do Windows fazer aplicativos que funcionam neles.
e
11.2. Quão bom é o Wine no sandbox de aplicativos do Windows?
O Wine não faz sandbox de forma alguma. Quando corre sob o vinho, um O aplicativo do Windows pode fazer qualquer coisa que seu usuário possa. Vinho não (e não pode) Pare um aplicativo do Windows diretamente fazendo syscalls nativos, mexendo com o seu arquivos, alterando seus scripts de inicialização ou fazendo outras coisas desagradáveis.
O Wine também tem uma página "Mitos" sobre vinhos , em separado, onde você pode encontrar mais detalhes.