O CPUfreq é uma ferramenta para controlar a escala de frequência e pode ser usado para limitar a dissipação de energia.
O TLP é uma ferramenta completa de economia de energia que abrange configurações de escalonamento de frequência também, portanto, não é necessário usar o CPUfreq quando o TLP estiver instalado.
As duas ferramentas não entram em conflito, desde que você não use as configurações de escala de frequência no TLP.