Em um dos meus sistemas que funciona como servidor de backup, mlocate.db atinge 9 GB. A solução foi excluir os diretórios de backup do locate, já que eu não precisava pesquisá-los.
Eu fiz isso adicionando o diretório de backup em PRUNEPATHS
in /etc/updatedb.conf
.
A execução de sudo updatedb
reduziu para 1.6MB (e economiza uma enorme quantidade de tempo indexando todos esses arquivos).